chronologie ;

1944 Dans un camp de concentration alors qu’il était encore tout jeune, Erik Lehnsherr libère pour sa première fois ses pouvoirs magnétiques ; découvrant ainsi qu’il était mutant et attirant l’attention d’un certain Docteur Schmidt qui tua sa mère sous ses yeux afin de laisser sa rage exprimer toute la puissance dont il en était capable, alors que de son côté, celui que l’on appellera plus tard Professeur Xavier fait la rencontre de Raven Darkhölme, une métamorphe qu’il décide d’héberger plutôt que de chasser, comprenant parfaitement les sentiments de rejet que ressentait la jeune mutante.

1962 Moïra McTaggert est un agent de la CIA qui, par curiosité, apprendra l’existence des mutants lors d’une excursion à Las Vegas où elle surprit le Colonel Hendry à parler avec un groupe qui sera baptisé le « Club des Damnés » dirigé par Sebastian Shaw, qui s’avérera être aussi cet ancien docteur Schmidt polonais qui avait torturé Lehnsherr. Apprenant que leurs intentions que les États-Unis installent des missiles nucléaires en Turquie, Moïra se voit obligée d’en parler à ses supérieurs et forme alors la Divison X, recrutant Charles Xavier comme leader ainsi que sa fidèle amie Raven.

Charles Xavier rencontrera Erik Lehnsherr alors qu’il le sauvera de sa noyade et entreprit de recruter d’autres jeunes mutants avec  l’aide de son ami Hank McCoy et grâce au premier modèle du Cerebro, réunissant jusqu’à quatre voir cinq membres de plus, formant ainsi les premiers X-Men.

En revenant au Manoir de Xavier, ce dernier souhaite utiliser sa demeure pour en faire un nouveau camp d’entraînement pour tous ces mutants, allant même jusqu’à coacher le futur Magneto afin qu’il maîtrise au mieux ses pouvoirs. Les mutants entament donc une période d'entraînement intensif alors que Shaw convainc le général russe d'envoyer des missiles nucléaires à Cuba : c'est la crise des missiles.

Le plan de Shaw est de déclencher une troisième guerre mondiale en utilisant des missiles nucléaires, une source d'énergie inépuisable qui lui permettrait d'asseoir la supériorité des mutants. Charles et Erik connaissent leurs premières divergences de point de vue, le premier voulant capturer Shaw alors que le second veut le tuer ; Hank tente de développer un sérum qui permettrait de rendre une apparence normale à Raven sans supprimer ses pouvoirs mais elle refuse de s'en servir, et quand il se l'injecte, sa mutation est stimulée au lieu d'être masquée, il acquiert alors une apparence de fauve et sa peau vire au bleu.

Alors que Shaw atteint Cuba, les mutants plus déterminés que jamais à stopper Shaw, s’envolent à leur tour. Les affrontements entre mutants commencent, tandis qu'Erik infiltre le bâtiment et retrouve Shaw qu'il tuera avec la pièce de monnaie nazie qu'il avait conservée. Effrayées par les pouvoirs des mutants, les flottes américaines et soviétiques s'unissent et tirent leurs missiles sur eux. Erik arrête les missiles et les renvoie sur les navires. Xavier tente de lui arracher son casque et les deux se battent. Moira fait feu de son arme sur Erik, qui dévie facilement les balles, mais une d'entre elles frappe Xavier au bas de la colonne vertébrale. Erik, après avoir extrait la balle du corps de Xavier, lui demande de se joindre à lui dans sa guerre contre l'humanité. Mais Xavier refuse, et Erik quitte les lieux avec une bonne partie des mutants déjà présents, constituant alors une première version de sa célèbre confrérie des mauvais mutants.

Les X-Men sont de retour au Manoir Xavier dont le possesseur décidera d'en faire une école pour mutants, et pour assurer leur sécurité, efface tous les souvenirs du combat de la mémoire de Moïra.

2023 Les Sentinelles ont pris le dessus sur le monde, exterminant tout mutant qu'ils trouvèrent ; et impossible de lutter contre eux puisqu'ils sont dotés de la capacité à s'adapter à tous pouvoirs qui s'offrent à eux, se retrouvant ainsi indestructibles, grâce aux capacités extraites de l'ADN de Mystique. Désespérés, Kitty Pryde, accompagné du Professeur Xavier, de Magneto, de Bobby Drake et du peu de mutants encore en vie, décide d'envoyer Wolverine dans le passé grâce à ses pouvoirs afin que celui-ci puisse rétablir l'ordre et afin d'éviter une destruction pareille du monde.

1973 Wolverine se réveille à cette époque, dans son ancien corps, il rejoint immédiatement l'Institut Xavier, tombe tout d'abord sur la Bête puis tente ensuite de convaincre le Professeur Xavier du futur duquel il provient. Cependant, cette jeune incarnation du Professeur semble totalement plongée dans la dépression, se drogue afin de pouvoir marcher et ne plus pouvoir utiliser ses pouvoirs. Le but de Wolverine est de convaincre Xavier et Magnéto que la guerre va éclater à la suite d'un enchaînement d'événements provoqués par Mystique : elle cherche à abattre le docteur Bolivar Trask qui est en train de mettre au point les Sentinelles. Une fois qu'elle aura tué Trask, elle sera immédiatement arrêtée, et l'utilisation de ses cellules de mutante permettra de faire des Sentinelles des armes absolues dans le futur : ses facultés de métamorphe seront synthétisées et administrées aux Sentinelles, leur permettant de s'adapter aux pouvoirs de leurs adversaires.

Cependant, lors de la Conférence de Paris pour la fin de la guerre au Viêt Nam, Magnéto décide purement et simplement d'éliminer Mystique pour la survie des mutants. Il la blesse à la jambe, et son sang est ensuite récupéré par l'équipe du docteur Trask. Comme ils se sont battus sous les yeux du monde entier (de nombreux journalistes étant venus couvrir l'événement), le président des États-Unis Richard Nixon décide de valider le programme Sentinelle de Trask. Les robots sont assemblés et présentés au public.

Magnéto se sert alors des prototypes des Sentinelles pour faire comprendre aux humains et aux mutants le potentiel de ces nouveaux robots. Il déplace le Robert F. Kennedy Memorial Stadium de Washington pour isoler la Maison-Blanche, et se présente aux caméras du monde devant le président Nixon et son état-major désarmé. Logan, le Fauve et Xavier tentent de s'interposer mais sont mis en déroute par les Sentinelles, sous le contrôle de Magnéto. Mystique prend alors l'apparence du président pour empêcher Magnéto de le tuer. Elle y parvient et renonce finalement à assassiner Trask grâce à Xavier, ce qui fait d'elle une héroïne aux yeux des humains.


1983 Apocalypse, premier de tous les mutants, ressuscite. Moïra McTaggert le découvre, à l'actuelle Égypte, et prévient ses supérieurs alors qu'elle fait la rencontre de Charles Xavier, pour la seconde fois. Mystique refait surface, inquiète par rapport à Erik alors qu'Apocalypse recrute ce dernier pour qu'il fasse partie de ses quatre nouveaux cavaliers. Charles se fait kidnapper afin d'assurer un transfert de l'esprit d'Apocalypse dans le sien, mais finit par être arrêté par des X-Men fraîchement recomposés alors qu'Erik et Tornade se retournent contre Apcalypse et aident les X-Men à le vaincre.